法蘭西斯科二世·埃斯特（義大利語：Francesco II d'Este，1660年3月6日—1694年9月6日），摩德納公爵，1662年至1694年在位。
| 法蘭西斯科二世·埃斯特 | |
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| 摩德納公爵 | |
| 統治 | 1662年7月16日 — 1694年9月6日 |
| 前任 | 阿方索四世 |
| 繼任 | 里納爾多 |
| 出生 | (1660-03-06)1660年3月6日 摩德納 |
| 逝世 | 1694年9月6日(1694歲—09—06)（34歲） 薩索羅 |
| 王朝 | 埃斯特家族 |
| 父親 | 阿方索四世·埃斯特 |
| 母親 | 蘿拉·馬蒂諾齊 |
| 宗教信仰 | 羅馬天主教 |
1692年，法蘭西斯科與帕爾馬公爵拉努喬二世的女兒瑪格麗塔·瑪麗亞（英语：Margherita Maria Farnese）結婚，兩人沒有子女。1694年法蘭西斯科去世，叔叔里納爾多繼位為摩德納公爵。