法兰西斯科二世·埃斯特（义大利语：Francesco II d'Este，1660年3月6日—1694年9月6日），摩德纳公爵，1662年至1694年在位。
| 法兰西斯科二世·埃斯特 | |
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| 摩德纳公爵 | |
| 统治 | 1662年7月16日 — 1694年9月6日 |
| 前任 | 阿方索四世 |
| 继任 | 里纳尔多 |
| 出生 | (1660-03-06)1660年3月6日 摩德纳 |
| 逝世 | 1694年9月6日(1694岁—09—06)（34岁） 萨索罗 |
| 王朝 | 埃斯特家族 |
| 父亲 | 阿方索四世·埃斯特 |
| 母亲 | 萝拉·马蒂诺齐 |
| 宗教信仰 | 罗马天主教 |
1692年，法兰西斯科与帕尔马公爵拉努乔二世的女儿玛格丽塔·玛丽亚（英语：Margherita Maria Farnese）结婚，两人没有子女。1694年法兰西斯科去世，叔叔里纳尔多继位为摩德纳公爵。