因曾为宋、元时邮递交接处和往返马匹歇息地,故其中一桥名为马公桥,镇以桥名命名。
1949年更命名为马镇乡。1957年北渚、河北、璜东三乡并入。后改公社,驻地北渚。1974年迁驻马公桥。1983年复为乡,1991年改为镇。2007年和璜塘镇、峭岐镇等合并,且更名为徐霞客镇。
马镇是明代地理学家徐霞客的故乡,境内有徐霞客故居和晴山堂石刻等全国重点文物保护单位。