因曾為宋、元時郵遞交接處和往返馬匹歇息地,故其中一橋名為馬公橋,鎮以橋名命名。
1949年更命名為馬鎮鄉。1957年北渚、河北、璜東三鄉併入。後改公社,駐地北渚。1974年遷駐馬公橋。1983年復為鄉,1991年改為鎮。2007年和璜塘鎮、峭岐鎮等合併,且更名為徐霞客鎮。
馬鎮是明代地理學家徐霞客的故鄉,境內有徐霞客故居和晴山堂石刻等全國重點文物保護單位。