主題:病毒/Selected virus
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冠狀病毒得名自其表面的棒狀突起，屬網巢病毒目冠狀病毒科，為具有包膜的正單鏈RNA病毒，基因組大小介於26000與32000nt之間，是RNA病毒中基因組最大者之一，編碼刺突蛋白（S）、外膜蛋白（E）、膜蛋白（M）和衣殼蛋白（N）等四種結構蛋白、複製酶（ORF1a/b）與若干輔助蛋白。進入宿主細胞後，冠狀病毒會造成細胞內膜的重組，並在特化的膜結構中進行複製與轉錄，轉錄時會發生模板跳轉而產生許多長度不一的次基因組RNA，皆包含一或數個結構蛋白的基因，此跳轉可能是不同冠狀病毒間發生基因重組的機制。複製酶（ORF1a/b）在轉譯時會發生-1核糖體移碼而產生1a或1ab兩種多聚蛋白，可分別被自身的蛋白酶切割而形成14種非結構蛋白，參與病毒的轉錄與複製，其中一個非結構蛋白nsp14具有校對的功能，使冠狀病毒複製的準確度高於其他RNA病毒，可能是其得以維持較長基因組的原因。
冠狀病毒可分為甲型、乙型、丙型與丁型等四個屬，其中甲型與乙型冠狀病毒為感染哺乳動物，其共祖可能是蝙蝠病毒，丙型與丁型冠狀病毒則以感染鳥類為主，其共祖應是鳥類病毒，而乙型冠狀病毒的Embecovirus亞屬可能是起源自感染鼠類的病毒，其中的鼠肝炎病毒為冠狀病毒研究的模式病毒，冠狀病毒的許多分子機制皆是通過研究此病毒而被闡明。已知可感染人類的冠狀病毒共有7種，其中有4種（229E、OC43、NL63與HKU1）可引發普通感冒，另外3種為導致嚴重疾病的SARS-CoV、MERS-CoV與SARS-CoV-2，皆曾在全球各地造成疫情。此外還有許多冠狀病毒可感染家畜與家禽、寵物、實驗動物和野生動物，例如感染雞隻的禽冠狀病毒、感染豬隻的數種豬冠狀病毒、感染犬與貓的犬冠狀病毒和貓冠狀病毒、感染實驗小鼠與大鼠的鼠冠狀病毒。
鼠冠狀病毒（M-CoV）是乙型冠狀病毒屬的一種病毒，為該屬的模式種，屬乙形冠狀病毒屬支系A（即Embecovirus亞屬），一般以鼠癌胚抗原相關細胞黏附分子1（mCEACAM1）為受體感染鼠類細胞，包括感染小鼠的鼠肝炎病毒（MHV）與感染大鼠的大鼠冠狀病毒（Rat Coronavirus；RCoV），兩者皆分為許多不同病毒株，其致病毒力、傳播方式與侵染的組織種類皆有所不同，除感染呼吸道、肝臟與腸道外，還有感染神經組織者。鼠冠狀病毒為實驗小鼠與實驗大鼠的重要病原，其中鼠肝炎病毒是感染人類以外動物的冠狀病毒中被研究最多者，為冠狀病毒研究的模式病毒，已被用作許多基礎與臨床研究的動物模型。
人類冠狀病毒NL63（HCoV-NL63）是甲型冠狀病毒屬的一種病毒，於2004年由荷蘭研究人員發表，與同屬的人類冠狀病毒229E以及乙型冠狀病毒屬的人類冠狀病毒OC43和人類冠狀病毒HKU1同為能造成普通感冒的四種冠狀病毒。NL63病毒與嚴重急性呼吸道綜合症冠狀病毒（SARS-CoV）、嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）一樣使用血管緊張素轉化酶2（ACE2）為受體感染細胞。研究顯示此病毒可能是由非洲波斯葉鼻蝠屬蝙蝠中的相關病毒演化而來。NL63病毒的感染大多僅造成輕微的上呼吸道症狀，但也有少數情況會造成細支氣管炎等較嚴重的下呼吸道感染。此病毒可能與其他病毒共同感染而使症狀加重。
人類冠狀病毒229E（HCoV-229E）是甲型冠狀病毒屬的一種病毒，於1966年被發現，是已知七種能感染人類的冠狀病毒中第一個被發現者。229E病毒與同屬的人類冠狀病毒NL63以及乙型冠狀病毒屬的人類冠狀病毒OC43和人類冠狀病毒HKU1同為能感染人類上呼吸道、造成普通感冒的四種冠狀病毒。此病毒以丙氨酸氨肽酶（AP-N）為受體感染人類細胞。蝙蝠、羊駝與單峰駱駝體內均有發現與此病毒高度相似的病毒。
果子貍SARS冠狀病毒（Civet SARS-CoV）是感染果子貍的嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV），與感染人類、造成2002年至2003年SARS事件的嚴重急性呼吸道綜合症冠狀病毒（SARS-CoV）高度相似，基因組序列相似度約99.8%。由於疫情初期染病的幾名病人都曾在市場中與果子貍接觸，果子貍可能是人類SARS冠狀病毒的直接來源；2003年底中國廣州又有四人染疫，經序列分析發現與果子貍的病毒相似度達99.9%，亦為SARS冠狀病毒由果子貍傳染給人的案例。
後續研究普查中國各地飼養的果子貍，除少數個案外均沒有發現SARS相關病毒，顯示果子貍可能並非SARS冠狀病毒的自然宿主，僅是促使病毒從自然宿主（蝙蝠）散播至人類的中間宿主。果子貍SARS冠狀病毒雖與人類SARS冠狀病毒高度相似，但刺突蛋白的受體結合結構域（RBD）中有少數位點差異，編碼輔助蛋白的ORF8也比人類病毒多出了一段長29nt的序列，病毒跨越物種障礙感染人類時在這些區域發生變異，可能與適應新的宿主環境有關。
輪狀病毒（Rotavirus，簡稱RV）是一種雙鏈核糖核酸病毒，屬於呼腸孤病毒科，是引起嬰幼兒腹瀉的最常見原因，幾乎世界上小孩在大約五歲時都曾感染過輪狀病毒至少一次。然而，每一次感染後人體免疫力會逐漸增強，因此之後再次感染的影響就會減輕，到成人階段就很少受其影響。輪狀病毒總共有八個種，以英文字母編號為A、B、C、D、E、F、G與H。其中，A種是最為常見的一種，超過90%人類輪狀病毒感染是由該種造成。
輪狀病毒是藉由糞口途徑傳染的。它會感染與小腸壁上的腸黏膜細胞並且產生腸毒素（enterotoxin），腸毒素會引起腸胃炎，導致嚴重的腹瀉，有時候甚至會因為脫水而導致死亡。雖然輪狀病毒於1973年就被由澳洲的露絲·畢夏普所發現，而且造成嬰兒與幼兒總計超過50%以上因為嚴重腹瀉而住院治療的案例，但是在公共衛生社群中它仍然沒有被廣泛地重視，特別是在發展中國家更是如此。除了對人類健康的影響之外，輪狀病毒也會感染動物，是家畜的病原體之一。
輪狀病毒的治療並不複雜，但每年仍有超過450,000名五歲以下的嬰幼兒因為輪狀病毒的感染而死亡，而且每年有幾乎兩百萬以上的兒童因此患重病。在美國實施疫苗施打計劃之前，輪狀病毒每年造成270萬個兒童嚴重腸胃炎的案例，有近60,000名兒童需住院治療，並且每年平均有37個死亡案例。對付輪狀病毒的方式着重於使用口服補液鹽，並且以疫苗接種來防止這種疾病的發生。在疫苗施打實施之後，輪狀病毒的病例即大幅減少。
正黏液病毒科（Orthomyxoviridae）屬於負鏈RNA病毒，可感染脊椎動物，造成流行性感冒的病毒正是正黏液病毒科的一員，屬於負鏈RNA病毒。正黏液病毒科可分為七屬病毒，其中四屬為流行性感冒病毒，包括A型、B型、C型與D型，另外三數為傳染性鮭魚貧血病毒屬、托高土病毒屬與Quaranjavirus。流行性感冒病毒可以感染人、馬、豬及禽類，其中A型流感病毒可以感染人、豬、馬等哺乳類及鳥類；B型流感病毒僅可感染人類與鰭足類（如海豹）；C型流感病毒僅感染人與豬，造成之病害較少；D型流感病毒則僅感染豬與牛，不感染人類。A型及B型流感病毒之感染力非常強，傳播速度非常快，可以稱之為最重要的疾病之一，感染範圍遍及世界各大洲。水禽類，尤其是候鳥，為各不同血清型病毒之帶原者及病毒重組之動物。另三個屬中，傳染性鮭魚貧血病毒則感染鮭魚，托高土病毒與Quaranjavirus感染包括脊椎動物及無脊椎動物在內的多種動物。
諾羅病毒（Norovirus）是一種引起非細菌性急性胃腸炎的病毒，屬杯狀病毒科諾羅病毒屬（為一單型屬），最早於1968年在美國俄亥俄州諾沃克病患的糞便中檢出。諾羅病毒多在人口密度較高和衛生環境差的地方造成感染，感染方式主要為糞口途徑，即食物被充滿病毒的糞便污染所致，但在人口密度高的地方也可能透過飛沫傳染。此病毒感染的症狀包括腹瀉、嘔吐與胃痛等，還可能伴隨發燒和頭痛，潛伏期為12至48小時，一般會在1至3天內痊癒，併發症較少見。諾羅病毒在世界各地每年造成超過6億人感染，其中約20萬人死亡，5歲以下兒童較易染病。
人類免疫缺乏病毒（HIV）又稱愛滋病毒，是一種感染人類免疫系統細胞的慢病毒，屬反轉錄病毒，此病毒的感染會導致愛滋病，為後天性細胞免疫功能出現缺陷而導致嚴重隨機感染甚至繼發腫瘤並致命的一種疾病。愛滋病毒起源於1920年代的非洲金沙薩，自1981年在美國被識別並發展為全球大流行。人類免疫缺乏病毒作為反轉錄病毒，在感染後會整合入宿主細胞的基因組中，而目前的抗病毒治療並不能將病毒根除。2016年世界衛生組織（WHO）估計，全球約有3670萬名愛滋病毒感染者，流行狀況最為嚴重的是撒哈拉以南非洲、其次是南亞與東南亞，成長幅度最快的地區是東亞、東歐及中亞。
在人類免疫缺乏病毒感染病程的一些時期，特別是早期及末期，具有感染性的病毒顆粒會存在於含有免疫細胞、血漿、淋巴液或組織液的某些體液中，如血液、精液、前列腺液、陰道分泌液、乳汁或傷口分泌液；另一方面，病毒在體外環境中極不穩定。因此，人類免疫缺乏病毒的傳播途徑主要是不安全性行為、靜脈注射、輸血、分娩、哺乳等；而通常的工作、學習、社交或家庭接觸，比如完整皮膚間的接觸、共用坐便器、接觸汗液等均不會傳播人類免疫缺陷病毒；與唾液或淚液的通常接觸（如社交吻禮或短暫接吻）也未有導致傳播人類免疫缺陷病毒的報告。
擬菌病毒科（Mimiviridae）是核質巨DNA病毒的一個科，成員均為巨大病毒，包含擬菌病毒、Klosneuvirus、Cafeteriavirus、圖邦病毒等，可能還包含許多目前被歸在藻類去氧核糖核酸病毒科的病毒。本科病毒的天然宿主的範圍甚廣，包括變形蟲、定鞭藻門、綠藻門、古蟲界與不等鞭毛類等真核生物的不同類群，可能還包含能感染動物（鱘魚）的Namao病毒，亦有在人體中被發現的紀錄。
擬菌病毒科的病毒常與噬病毒體和轉座病毒體等元件共同出現，且本科病毒基因組中，早期轉錄的基因之啟動子中常有AAAATTGA的序列，基因的轉錄常以莖環結構終止，且許多病毒具有編碼氨酰-tRNA合成酶的基因，為此類病毒的重要特色，其中圖邦病毒的基因組中甚至有多達20種不同氨酰-tRNA合成酶的基因。
真菌病毒（Mycovirus）泛指可以感染真菌的病毒。多數真菌病毒都屬於雙股RNA病毒，但也有約三成屬於正義單鏈RNA病毒。真菌病毒必須具備感染健康真菌的能力，許多真菌細胞內類似病毒的物質並無感染能力，故只能稱為類病毒顆粒，並非真正的真菌病毒。大多數真菌病毒的感染都沒有任何症狀，它們可能在長期共演化之下，演化出對宿主無害、甚至對宿主有益的共生機制，例如嗜殺酵母細胞內的雙股RNA病毒可編碼毒素，幫助其宿主毒殺周圍的其他酵母菌，不過仍有少數真菌病毒的感染會嚴重影響真菌的生長，並降低部分植物病原真菌感染植物的能力。真菌病毒學是病毒學中一個相對較新的分支領域，其研究範圍包括真菌病毒的分類、起源、演化、宿主種類、傳播機制與對宿主的影響等。
人類疱疹病毒第四型（EBV）是感染人類的一種疱疹病毒，可造成傳染性單核白血球增多症，還可能與伯基特淋巴瘤、噬血細胞性淋巴組織細胞增生症與霍奇金淋巴瘤有關。此病毒於1964年由安東尼·愛潑斯坦、伊馮娜·巴爾與伯特·阿充等人在伯基特淋巴瘤病人的細胞中發現，此後被認為與許多疾病有關，全世界有超過90%的人口皆曾受到EBV的感染。EBV的傳染途徑主要是經由唾液傳播，在歐美國家常發生於青少年，經由接吻而傳染，可感染人體的B細胞和上皮細胞，痊癒後會終生潛伏在病人的B細胞中。
麻疹病毒是造成麻疹的病原體，屬副粘病毒科麻疹病毒屬。麻疹是兒童常見的一種急性傳染病，其傳染性很強，以皮丘疹、發熱及呼吸道症狀為特徵。若無併發症則愈後多良好。不同國家的麻疹病毒的基因型互不相同，所產生的疫情也存在很大差異，在2000年美國和澳大利亞的麻疹已經得到有效控制，但在發展中國家仍是兒童死亡的一個主要原因。在天花滅絕後，WHO已將麻疹列為計劃消滅的傳染病之一。亞急性硬化性全腦炎是麻疹病毒慢性感染所致的併發症。
新城病毒可感染禽鳥而導致新城病，其傳染性和死亡率均高，現時沒有治療方法，但可以透過疫苗和消毒措施以減少其爆發之可能性。人類亦可能感染此病毒，導致輕微的結膜炎和類似流行性感冒之症狀，但一般不構成生命威脅。新城病毒最早於1926年在印尼爪哇被發現，隔年又在英國泰恩河畔新堡被發現並以此得名，但1898年造成蘇格蘭西北部家禽大量死亡的病毒極有可能是新城病毒。此病毒流行於許多國家，最重要的影響即是造成家禽的感染，可造成大量經濟損失。新城病毒可能可選擇性的殺傷癌細胞，因此有用於癌症療法的潛力。
煙草鑲嵌病毒（TMV）是一種感染煙草及其他茄科植物的正義單股RNA病毒，因其感染可致葉片斑駁污損而得名，此病毒呈長棒狀，直徑約為18奈米，長度則約為300奈米。1886年，阿道夫·E·邁耶首次描述了煙草花葉病，且發現此病可透過植株提取的汁液傳播，1935年溫德爾·梅雷迪思·斯坦利成功將此病毒結晶，為第一種被結晶的病毒。此病毒也是病毒學研究的一種模式病毒。
伊波拉病毒屬是絲狀病毒科的一個屬，其下包含五種病毒，可感染人類而致伊波拉出血熱，此病症狀包括噁心、嘔吐、腹瀉、膚色改變、全身痠痛、體內出血、體外出血、發燒等，且其致死率很高，部分毒株甚至可高達80%。此病毒得名自剛果民主共和國（舊稱薩伊）的伊波拉河，接近首次於1976年爆發的部落。伊波拉病毒是人畜共通病毒，主要的感染途徑是透過患者體液傳染，如血液、汗、嘔吐物、排泄物、尿液、唾液或精液等。狐蝠科蝙蝠可能是此病毒的自然宿主。
昆津病毒（KUNV）是一種人畜共患的蟲媒病毒，可通過蚊子傳播，屬黃病毒科黃病毒屬，為西尼羅河病毒的一個亞型，只分佈在大洋洲。此病毒最早是於1960年從澳大利亞環喙庫蚊身上分離，得名自昆士蘭北部該病毒的分離地科瓦尼阿馬米切爾河附近的澳大利亞原住民部落。感染昆津病毒一般沒有症狀，但會導致一種腦炎疾病或一種無腦炎疾病。無腦炎昆津病毒可以導致的症狀包括急性發熱、頭痛、關節痛、 肌痛、疲倦和起疹，典型昆津病毒腦炎為急性發熱腦膜腦炎，兩種昆津病毒疾病都比西尼羅河病毒和墨累谷腦炎病毒引起的疾病溫和。
鴨瘟病毒可感染鴨、鵝與天鵝等水鳥，世界各地皆有疫情，且致死率高，可由受感染的雌鴨垂直傳播給下一代，亦可經污染的水源或直接接觸在個體間水平傳播。有遷徙行為的水鳥常為無症狀的帶原者，因而為鴨瘟的重要傳播媒介。此疾病的潛伏期一般是三到七天，之後症狀包括食欲不振、產蛋數下降兩成至四成、鼻腔分泌物增加、口渴、腹瀉、共濟失調、畏光、震顫、翅膀下垂等，病理特徵為小腸粘膜出血潰瘍，肝臟與脾臟腫大且組織局部壞死等，具體症狀因病毒株系以及被感染個體的種類、性別與免疫力強弱而異，一星期大的幼鳥亦可能被感染。不同水鳥對鴨瘟病毒的抗性亦不相同，野鳥的一般比家禽更具抗性，藍翅鴨是最易被感染的水鳥之一，綠頭鴨對此病的抗性則強得多，可能為此病毒的儲蓄宿主。
猴免疫缺陷病毒（SIV）也稱為非洲綠猴病毒，是一種可影響至少33種非洲靈長目的逆轉錄病毒。在對比奧科島（於大約11000年前因海平面上升而從大陸隔離出來的一座島嶼）的四種猴中所發現的病毒株進行分析後，科學家們得出結論，稱SIV在猴和猿中至少已存在了32000年，且實際存在時間可能比這長得多。這些靈長目動物中的兩個物種中存在的病毒株，即白頂白眉猴體內的SIVsmm和黑猩猩體內的SIVcpz，被認為已跨越了種間屏障而進入人體，並最終成為了HIV的兩個亞型，即HIV-2和HIV-1。HIV-1轉移到人體最可能的路徑之一是人類與黑猩猩（在非洲常作為「叢林肉」的來源而被捕獵）血液的接觸。
不同於HIV-1和HIV-2對人體的感染，SIV對其天然宿主的感染在很多情況下不具有致病性。對白頂白眉猴的廣泛研究已經證實，即使SIVsmm病毒感染了這種動物且循環病毒量很高，也不會使它們染上任何疾病。然而，如果該病毒感染了亞洲或印度普通獼猴，則將會在感染後期發展成猴愛滋病（SAIDS）。最近的一項研究顯示，若野生黑猩猩感染了SIVcpz病毒，則也會像被HIV-1所感染的人一樣，患上一種類似於愛滋病的疾病。
牛冠狀病毒（BCoV）是乙型冠狀病毒屬的一種病毒，與人類冠狀病毒OC43等多種感染不同動物的病毒皆屬乙型冠狀病毒1型的不同分型。此病毒可感染牛等反芻動物的呼吸道或消化道，前者多造成輕微的呼吸道症狀，後者則會造成腹瀉或較嚴重的冬痢。此病毒感染已有疫苗可防治。除牛隻外，水鹿、白尾鹿、水羚、加拿大馬鹿、馴鹿與長頸鹿等反芻動物的腸道或呼吸道中皆有發現不同株系的牛冠狀病毒。刺突蛋白序列的分子鐘分析顯示牛冠狀病毒與人類冠狀病毒OC43約於1890年左右從共同祖先分家，牛冠狀病毒與OC43病毒雖序列相似度高達96.6%，但無證據顯示OC43病毒可感染牛隻，牛冠狀病毒一般也不感染人類，不過曾有報導指一名六歲兒童被牛冠狀病毒感染後出現腹瀉症狀，此病毒株被成功分離後命名為「人類腸道冠狀病毒4408」（HECV-4408），與牛冠狀病毒的關係比與OC43病毒的關係還接近，是除SARS病毒外極少數造成人類消化道症狀的冠狀病毒。