水母溪为一位于台湾东部之县市管河川，干流长度12.00公里，流域面积40.40平方公里，分布于台东县长滨乡。主流发源于长滨乡三间村三间屋山西北侧[1]，先向北北东流，经小嘉义后转东南东流，经大坪顶、南溪，最终于八仙洞东北侧注入太平洋。
以下由下游至源头列出水系主要河川，其中粗体字为主流河道。
