谱系学
由于新鸟小纲各群在白垩纪-古近纪灭绝事件期间分化的太过快速[ 5] ,导致试图解决他们之间的亲缘关系问题异常复杂,尤其在早期的研究中,甚至出现矛盾的研究成果[ 6] [ 7] [ 8] 。无论如何,近期对新鸟小纲的一些大规模谱系基因学 研究,已经对新鸟小纲下的目和总目的定义导引出许多进展,虽然这些研究并未对高阶的鸟群分类位阶取得共识[ 8] [ 9] [ 10] [ 11] 。埃里希·贾维斯 等人在2014年针对48分类群所做的基因学研究,把新鸟小纲分成两个主演化支:鸽鸨类 和雀类 ,而理查德·普鲁姆 等人在2015年分析198个分类群,则恢复许多新鸟小纲里、早期分化出的许多分类群[ 9] [ 10] 。2017年,雷迪等人使用延伸的资料组重新分析,认为这只不过是排序资料型态的差异,编码序列 对普鲁姆等人的分类位阶有利[ 11] 。对这种分类位阶持反对意见者,像瑞典乌普萨拉大学的亚历山大·苏,在2016年就透过更大型的谱系基因学研究,甚至提出有9个演化支的实多分支 ,直接就隶属在新鸟小纲之下[ 12] 。到了2019年,美国古生物学家彼得·厚德等人的分析结果,重新采用鸽鸨类,以及搭配6个实多分支的雀类[ 13] 。
总合来说,这些研究都同意有许多总目,雷迪在2017年取了一个特殊的名称叫“大哉七”,搭配3个独立目,构成新鸟小纲[ 11] 。有意思的是,他们都包含一大群鸟种的陆鸟演化支──陆鸟类 ,以及一大群鸟种的水鸟演化支──水滨鸟类 。下面是雷迪定义的鸟类分类群:
陆鸟类 Telluraves
水滨鸟类 Aequornithes
日鳽总目 Eurypygimorphae(日鳽、鹭鹤和热带鸟)
鸨形总目 Otidimorphae(蕉鹃、鸨和杜鹃)
夜鸟类 Strisores(夜鹰、雨燕和蜂鸟)
鸽形总目 Columbimorphae(拟鹑、沙鸡和鸠鸽)
奇迹鸟类 Mirandornithes(火鹤和鸊鷉)
新鸟小纲分化的不同提议比较
鸠鸽类 Columbea
奇迹鸟类 Mirandornithes(红鹤、鸊鷉)
鸽形总目 Columbimorphae (鸠鸽、拟鹑、沙鸡)
雀类 Passerea
鸨形总目 Otidimorphae(杜鹃、鸨、蕉鹃)
夜鸟类 Strisores(蜂鸟、雨燕、夜鹰)
麝雉目 Opisthocomiformes(麝雉)
鹤形总目 Gruimorphae
鹤形目 Gruiformes(鹤、秧鸡)
鸻形目 Charadriiformes(涉禽 )
鹭形类 Ardeae
水鸟类 Aequornithes(核心水鸟)
日鳽总目 Eurypgimorphae(日鳽、鹭鹤、热带鸟)
陆鸟类 Telluraves
(核心陆鸟)
夜鸟类 Strisores(蜂鸟、雨燕、夜鹰)
鸽鸨类
鸽形总目 Columbimorphae (鸠鸽、拟鹑、沙鸡)
鸨形总目 Otidimorphae(杜鹃、鸨、蕉鹃)
鹤形目 Gruiformes(鹤、秧鸡)
水滨鸟类 Aequorlitornithes
鸻形目 Charadriiformes(涉禽 )
奇迹鸟类 Mirandornithes(红鹤、鸊鷉)
鹭形类 Ardeae
水鸟类 Aequornithes(核心水鸟)
日鳽总目 Eurypgimorphae(日鳽、鹭鹤、热带鸟)
(水鸟)
望外鸟类 Inopinaves
麝雉目 Opisthocomiformes(麝雉)
陆鸟类 Telluraves(核心陆鸟)
鸽形总目 Columbimorphae (鸠鸽、拟鹑、沙鸡)
鸨形总目 Otidimorphae(杜鹃、鸨、蕉鹃)
夜鸟类 Strisores(蜂鸟、雨燕、夜鹰)
麝雉目 Opisthocomiformes(麝雉)
鹤形目 Gruiformes(鹤、秧鸡)
鸻形目 Charadriiformes(涉禽 )
奇迹鸟类 Mirandornithes(红鹤、鸊鷉)
鹭形类 Ardeae
水鸟类 Aequornithes(核心水鸟)
日鳽总目 Eurypgimorphae(日鳽、鹭鹤、热带鸟)
采用Braun & Kimball在2021年提出的总目分类树,下面的分支图 说明所有新鸟小纲之下各目的拟议关系[ 15]
新鸟小纲
奇迹鸟类
火烈鸟目 Phoenicopteriformes
䴙䴘目 Podicipediformes
Mirandornithes
鸽形总目
鸽形目 Columbiformes
拟鹑目 Mesitornithiformes
沙鸡目 Pterocliformes
Columbimorphae
雀类
鸨形目 Otidiformes
鹃形目 Cuculiformes
蕉鹃目 Musophagiformes
鹤形目 Gruiformes
鸻形目 Charadriiformes
麝雉目 Opisthocomiformes
夜鹰目 Caprimulgiformes
鹭形类
日鳽总目
鹲形目 Phaethontiformes
日鳽目 Eurypygiformes
Eurypygimorphae
水鸟类
潜鸟目 Gaviiformes[ 16]
南极鸟类
鹱形目 Procellariiformes
企鹅目 Sphenisciformes
Austrodyptornithes
鹳形目 Ciconiiformes
鲣鸟目 Suliformes
鹈形目 Pelecaniformes
Aequornithes
Ardeae
陆鸟类
鹰形总目
美洲鹫目 Cathartiformes
鹰形目 Accipitriformes
Accipitrimorphae
鸮形目 Strigiformes
佛法僧总目
鼠鸟目 Coliiformes
穴鸟类
鹃𫁡目 Leptosomiformes
咬鹃目 Trogoniformes
䴕翠鸟类
Picocoraciae
Cavitaves
Coraciimorphae
南鸟类
叫鹤目 Cariamiformes
真隼形类
隼形目 Falconiformes
鹦雀总目
鹦形目 Psittaciformes
雀形目 Passeriformes
Psittacopasserae
Eufalconimorphae
Australaves
Telluraves
Passerea
Neoaves
参考文献
^ Van Tuinen M. (2009) Birds (Aves). In The Timetree of Life , Hedges SB, Kumar S (eds). Oxford: Oxford University Press; 409–411.
^ 2.0 2.1 Jarvis, E.D. (2014) Whole genome analyzes resolve the early branches in the tree of life of modern birds (页面存档备份 ,存于互联网档案馆 ).
^ Ericson, Per G.P.; et al. Diversification of Neoaves: integration of molecular sequence data and fossils (PDF) . Biology Letters . 2006, 2 (4): 543–547 [2019-08-29 ] . PMC 1834003 . PMID 17148284 . doi:10.1098/rsbl.2006.0523 . (原始内容 (PDF) 存档于2009-03-25).
^ McCormack, J.E.; et al. A phylogeny of birds based on over 1,500 loci collected by target enrichment and high-throughput sequencing . PLOS ONE. 2013, 8 (1): e54848 [2020-10-12 ] . doi:10.1371/journal.pone.0054848 . (原始内容存档 于2020-05-05).
^ 5.0 5.1 Claramunt, S.; Cracraft, J. A new time tree reveals Earth history's imprint on the evolution of modern birds . Sci Adv. 2015, 1 (11): e1501005. PMC 4730849 . PMID 26824065 . doi:10.1126/sciadv.1501005 .
^ 6.0 6.1 Mayr G. (2011) Metaves, Mirandornithes, Strisores and other novelties - a critical review of the higher-level phylogeny of neornithine birds (页面存档备份 ,存于互联网档案馆 ). J Zool Syst Evol Res. 49:58-76.
^ 7.0 7.1 Matzke, A. et al. (2012) Retroposon insertion patterns of neoavian birds: strong evidence for an extensive incomplete lineage sorting era (页面存档备份 ,存于互联网档案馆 ) Mol. Biol. Evol.
^ 8.0 8.1 Braun, Edward L.; Cracraft, Joel; Houde, Peter. Resolving the Avian Tree of Life from Top to Bottom: The Promise and Potential Boundaries of the Phylogenomic Era. Avian Genomics in Ecology and Evolution. 2019: 151–210. ISBN 978-3-030-16476-8 . doi:10.1007/978-3-030-16477-5_6 .
^ 9.0 9.1 Jarvis, E.D.; et al. Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds . Science. 2014, 346 (6215): 1320–1331 [2020-05-24 ] . PMC 4405904 . PMID 25504713 . doi:10.1126/science.1253451 . (原始内容存档 于2015-09-24).
^ 10.0 10.1 Prum, Richard O.; Berv, Jacob S.; Dornburg, Alex; Field, Daniel J.; Townsend, Jeffrey P.; Lemmon, Emily Moriarty; Lemmon, Alan R. A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature. 2015, 526 (7574): 569–573. ISSN 0028-0836 . PMID 26444237 . doi:10.1038/nature15697 .
^ 11.0 11.1 11.2 Reddy, Sushma; Kimball, Rebecca T.; Pandey, Akanksha; Hosner, Peter A.; Braun, Michael J.; Hackett, Shannon J.; Han, Kin-Lan; Harshman, John; Huddleston, Christopher J.; Kingston, Sarah; Marks, Ben D.; Miglia, Kathleen J.; Moore, William S.; Sheldon, Frederick H.; Witt, Christopher C.; Yuri, Tamaki; Braun, Edward L. Why Do Phylogenomic Data Sets Yield Conflicting Trees? Data Type Influences the Avian Tree of Life more than Taxon Sampling. Systematic Biology. 2017, 66 (5): 857–879. ISSN 1063-5157 . PMID 28369655 . doi:10.1093/sysbio/syx041 .
^ 12.0 12.1 Suh, Alexander. The phylogenomic forest of bird trees contains a hard polytomy at the root of Neoaves . Zoologica Scripta. 2016, 45 : 50–62. ISSN 0300-3256 . doi:10.1111/zsc.12213 .
^ Houde, Peter; Braun, Edward L.; Narula, Nitish; Minjares, Uriel; Mirarab, Siavash. Phylogenetic Signal of Indels and the Neoavian Radiation. Diversity. 2019, 11 (7): 108. ISSN 1424-2818 . doi:10.3390/d11070108 .
^ Prum, R.O.; et al. A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing . Nature. 2015, 526 : 569–573 [2020-05-24 ] . PMID 26444237 . doi:10.1038/nature15697 . (原始内容存档 于2020-05-29).
^ Braun, E.L. & Kimball, R.T. (2021) Data types and the phylogeny of Neoaves. Birds , 2(1), 1-22; https://doi.org/10.3390/birds2010001 (页面存档备份 ,存于互联网档案馆 )
^ Boyd, John. NEORNITHES: 46 Orders (PDF) . John Boyd's website. 2007 [30 December 2017] . (原始内容存档 (PDF) 于2010-08-06).
外部链接