AMBER力場

AMBER力場是在生物大分子的模擬計算領域有着廣泛應用的一個分子力場。開發這個力場的是Peter Kollman課題組,最初AMBER力場是專門為了計算蛋白質核酸體系而開發的,計算其力場參數的數據均來自實驗值,後來隨着AMBER力場的廣泛應用,包括Kollman在內的很多課題組對AMBER力場的內容不斷進行豐富,逐漸開發出了一個可以用於生物大分子有機小分子和高分子模擬計算的力場體系。但是總體來講,AMBER力場的優勢在於對生物大分子的計算,其對小分子體系的計算結果常常不能令人滿意。

AMBER
Assisted Model Building with Energy Refinement
原作者Peter Kollman, David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker
開發者UCSF
首次發佈2002年,​22年前​(2002
程式語言C, C++, Fortran 95
作業系統Windows, OS X, Linux, Unix, CNK
平台x86, Nvidia GPU, Blue Gene
文件大小視情況
語言英語
類型分子動力學
許可協議Amber: 專有軟件
AmberTools: GPL, 公有領域, 其它開源軟件
網站ambermd.org

AMBER力場的勢能函數形勢較為簡單,所需參數不多,計算量也比較小,這是這個力場的一大特色,但也在一定程度上限制了這個力場的擴展性。本力場用諧振子模型計算鍵長伸縮能和鍵角彎轉能,用傅立葉級數的形式來描述二面角扭轉能,選用Lennard-Jones勢來模擬范德華力;用庫侖公式來描述靜電相互作用,其勢能表達式為[1]

現在有很多主流計算軟件包應用了AMBER力場,其中除了Kollman課題組開發的AMBER軟件之外,還有Insight IISybylCerius2MOEHyperChem等。

參見

參考資料

  1. ^ Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM Jr, Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA. A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117: 5179–5197. doi:10.1021/ja00124a002. 
編輯 分子力場