簡單重複序列間多態性
在分子生物學中，簡單重複序列間多態性(Inter-Simple Sequence Repeat, ISSR)具有兩種含義：一是DNA分子由於核苷酸序列中的不同而產生的的一種可以用來相互區別的性質；二是一種實驗技術，利用這種性質來比較不同的DNA分子在多態性上的差異。
原理
在基因組中存在着大量的重複序列，根據其重複的程度可分為簡單重複序列、中度重複序列和高度重複序列。簡單重複序列(Simple Sequence Repeat，SSR)在真核生物基因組中廣泛存在，一般是以1-6bp組成較低程度的重複序列，主要以2-3個核苷酸為重複單位如(GA)n、(AC)n和(GAA)n等。從進化角度看物種間重複序列的差異是自然選擇的結果。簡單序列重複區間擴增多態性(ISSR)是由ZIETKIEWICZ等於1994年創建的一種DNA 標記技術。ISSR技術是以PCR技術為基礎，利用真核生物基因組廣泛存在的簡單重複序列(SSR)來設計引物，而無需預先克隆和測序。通常用於ISSR-PCR擴增的引物為16-18個鹼基序列，由1-4個鹼基組成的串聯重複和幾個非重複的錨定鹼基組成，從而保證了引物與基因組DNA中簡單重複序列的5′或3′末端結合，導致位於反向排列，間隔不太大的簡單重複序列間的基因組片段進行PCR擴增。簡單重複序列在真核生物中的分佈是非常普遍的，且進化變異速度很快，因而錨定引物的ISSR-PCR可以檢測基因組許多位點的差異。擴增產物通過聚丙烯酰胺凝膠電泳或瓊脂糖凝膠電泳電離，經溴化乙錠(EB)染色來檢測擴增DNA 片段的多態性，擴增DNA片段的多態性即反映了基因組相應區域的DNA多態性。
方法
合適的PCR參數是保證ISSR-PCR擴增效果的基本條件。在ISSR-PCR反應體系中，引物、退火溫度、Taq DNA聚合酶濃度、Mg2+濃度、模板DNA濃度、引物濃度和dNTP濃度都擴增結果有重要影響。
應用
- 種質鑑定。
- 親緣關係分析。
- 遺傳多樣性分析。
- 遺傳圖譜的構建。