祝瀛元(?—?)字紫笙,順天府大興縣(今北京市)人,清末民初官員。[1]
光緒三十三年(1907年),祝瀛元任農工商部左參議。宣統元年(1909年),署農工商部右丞。[1]宣統元年五月,賞署農工商部右丞、左參議祝瀛元,候補三四品京堂、署農工商部左參議誠璋二等第二寶星。[2]
宣統三年(1911年),袁世凱內閣成立,農工商部副大臣熙彥暫署大臣(大臣為張謇,未就任),農工商部左丞祝瀛元署副大臣。[3]
1913年2月25日,祝瀛元出任安東關監督。[4]1915年9月14日,祝瀛元接替黃瑞麒任閩海關監督,一直任至1917年10月14日被孫啟泰取代。[5]