陝西行都指揮使司，明朝五個行都指揮使司之一，在河西走廊設置的行政區劃。
元朝甘肅等處行中書省，治甘州路。洪武五年（1372年）十一月置甘肅衛。二十五年（1392年）罷。洪武七年（1374年），在河州（今甘肅臨夏）設西安行都衛指揮使司。二十六年（1393年），陝西行都指揮使司自莊浪徙置於甘州。領十二衛，四守御千戶所。距布政司（西安府）二千六百四十五里，屬於右軍都督府。下設甘州左衛、甘州右衛、甘州中衛、甘州前衛、甘州後衛、陝西甘肅衛、永昌衛、涼州衛、莊浪衛、西寧衛、山丹衛、肅州衛、鎮番衛、鎮夷千戶所、古浪千戶所、高臺千戶所。
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