染色質免疫沉澱
染色質免疫沉澱（英語：Chromatin Immunoprecipitation，簡稱為ChIP）被用來研究細胞內DNA與蛋白質相互作用，具體來說就是確定特定蛋白（如轉錄因子）是否結合特定基因組區域（如啟動子或其它DNA結合位點）——可能定義順反組。ChIP還被用來確定基因組上與組蛋白修飾相關的特定位點（即組蛋白修飾酶類的標靶）。[1] 此方法的簡要過程是：細胞裂解液里的蛋白和相關染色質暫時結合；染色質(DNA)-蛋白複合物被剪切，與所研究蛋白相關的DNA片斷被選擇性免疫沉澱；相關DNA片斷被純化，順序被測定。一般認為這些DNA順序在活體內與所研究蛋白結合。
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染色質免疫沉澱種類
通常使用的染色質免疫沈澱法主要根據第一步對染色質的處理方式不同，而分為交聯染色質免疫沉澱(XChIP) 與自然染色質免疫沉澱(NChIP) 兩種。 XChIP 使用化學物質交聯染色質後使用超聲波破碎，而 NChIP 使用micrococcal核酸酶剪切。
交聯染色質免疫沉澱(XChIP)
交聯法主要用於定位染色質上面附着的轉錄因子等蛋白。交聯法的原料是可逆交聯處理後的染色質。可逆交聯處理這一步通常使用的是甲醛或紫外光照射。由於經過了交聯處理，最後亦多出解除交聯狀態的一步。交聯法通常直接使用超聲波破碎，獲得約 300-1000 鹼基對長度的 DNA 鏈。
自然染色質免疫沉澱(NChIP)
自然法的主要應用是用於定位組織蛋白修飾所影響的 DNA 的位置。與交聯法不同，自然法的原料是未經處理的染色質。為了將染色質分離，需要使用 micrococcal 核酸酶用於分離消化染色質以獲得單個核小體。此種方法將會完全分解核小體間的連接 DNA 並產生長度為 1-5 個不等核小體的片段。
XChIP與NChIP的比較
參見
參考文獻
- ^ Collas, Philippe. The Current State of Chromatin Immunoprecipitation. Molecular Biotechnology. January 2010, 45 (1): 87–100. PMID 20077036. doi:10.1007/s12033-009-9239-8.
外部連結
- 醫學主題詞表（MeSH）：Chromatin+immunoprecipitation
- EpigenomeNOE.com （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- Chromatin Immunopreciptation (ChIP) on Unfixed Chromatin from Cells and Tissues to Analyze Histone Modifications （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Protein Complexes: Mapping of Genomic Targets of Nuclear Proteins in Cultured Cells （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）