錢存訓認為，傳統的四部分類有數點問題，包括是將儒學置於分類的中心；框架過於簡單，而沒法包含細節；框架不夠靈活。關於框架不夠靈活，余嘉錫指出，後來出現範疇，如古箏、圍棋、書法、動植物書籍等在四部分類方沒有合適的位置，而只能放於「子部」之中。此外，類書和叢書的分類往往是一個問題。雖然存在着這些問題，但是因為四部分類法已經使用甚久，至近代很難改變這種分類法。
