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專有軟件
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Chemical WorkBench
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CHEMKIN
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自由軟件
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Jmol
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Abalone (molecular mechanics)
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ACD/ChemSketch
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ACD/ChemSketch
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Atomistix ToolKit
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Atomistix ToolKit
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ChemWindow
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EzMol
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GAUSSIAN
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MarvinSketch
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MODELLER
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MOE
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Molecular Operating Environment
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SAMSON
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SAMSON
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Spartan
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英語
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Spartan (chemistry software)
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UCSF Chimera
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UCSF Chimera
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VMD
分子對接
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英語
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Docking (molecular)
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蛋白質—配體對接軟件列表
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英語
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List of protein-ligand docking software
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自由軟件
AutoDock
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AutoDock
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AutoDock Vina
FlexAID
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FlexAID
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rDock
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rDock
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專有軟件
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Glide (docking)
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LeDock
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LeDock
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MOE
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英語
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Molecular Operating Environment
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分子動力學
自由軟件
CP2K
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CP2K
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GROMACS
LAMMPS
OpenMM
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OpenMM
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PLUMED
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PLUMED
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專有軟件
Abalone
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Abalone (molecular mechanics)
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CHARMM
CPMD
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Car–Parrinello molecular dynamics
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Desmond (software)
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GROMOS
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量子化學
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BigDFT
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CONQUEST
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CP2K
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Dalton
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Dalton (program)
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DIRAC
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Dirac (software)
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DP code
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DP code
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FLEUR
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FLEUR
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FreeON
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FreeON
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MADNESS
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MADNESS
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MOPAC
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英語
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MOPAC
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MPQC
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Massively parallel quantum chemistry
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NWChem
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NWChem
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Octopus
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Octopus (software)
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OpenMolcas
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MOLCAS
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PARSEC
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PSI
PyQuante
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PyQuante
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PySCF
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PySCF
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Quantum ESPRESSO
（
英語
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Quantum ESPRESSO
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（PWscf）
RMG
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英語
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RMG (program)
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SIESTA
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英語
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SIESTA (computer program)
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VB2000
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Valence bond programs
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YAMBO code
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YAMBO code
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專有軟件
ADF
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Amsterdam Density Functional
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AMPAC
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DMol3
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CADPAC
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CASINO
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CASTEP
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CPMD
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Car–Parrinello molecular dynamics
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Valence bond programs
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CRYSTAL
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CRYSTAL (software)
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Firefly (computer program)
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MOLCAS
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OpenAtom
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Q-Chem
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WIEN2k
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Valence bond programs
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XDrawChem
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ACD/ChemSketch
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ISIS/Draw
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英語
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JME Molecule Editor
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其它
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Aqion
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英語
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Eulim
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EXC code
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Mercury (crystallography)
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英語
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CrystalExplorer
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英語
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Internal Coordinate Mechanics
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（ICM瀏覽器）
Materials Studio
Molden
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英語
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Molden
）
OpenChrom
（
英語
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OpenChrom
）
SASHIMI
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如何控制本模板的顯示狀態
使用
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使用
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使本模板顯示為展開（顯示）狀態。
使用
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使本模板
僅在
頁面上有其他相同類型的模板時，顯示為摺疊（隱藏）狀態。
除非另有設定（請見模板代碼內的
|state=
參數），
autocollapse
為預設狀態。
編者可以在本模板的沙盒
(
建立
|
鏡像
)
和測試樣例
(
建立
)
頁面進行實驗。
本模板的子頁面
。
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