自然主義通常是指繼承唯物主義和實用主義衣缽、不探究自然界中超自然因素的哲學立場，其理論基礎認為所有現象皆可用自然理由的概念解釋。自然主義不一定認為超自然現象和假設不存在或就是荒謬，但是所有的現象和假設必須可以用相同的方法來研究，因此任何超自然事物或是不存在，或是不可知，或是與自然現象和假設沒有本質區別。
任何限制於自然、物理、唯物方法和解釋範圍內的探索和調查手段，或者積累知識的過程，都可歸入自然主義。
許多科學哲學家用「方法自然主義」（又譯「方法論自然主義」，「自然方法論」）和「科學自然主義」來指科學方法中被長久廣為遵循的常規，即使用方法論假設可觀察的自然現象只能由自然原因來解釋，而不假設超自然能力是否存在，因此也不接受超自然的解釋。與「存在論自然主義」或「形上學自然主義」相對，這些思想認為：自然界（包括整個宇宙）就是存在的全部，因此超自然事物是不存在的。
這是由支持科學和演化論的哲學家提出，他們在「創造論對演化論的爭議」中反對創造論或智能設計論，把「方法論自然主義」稱為「科學唯物主義」或者「方法論唯物主義」，與「形而上學自然主義」結合，進一步支持他們提出的「現代科學是無神論」的理念。與其相對的自然哲學手段則接受對自然現象的超自然解釋，從而被稱為「有神論科學」或偽科學。