馮士元(?—?),北宋開封府吏。
開封府吏馮士元販賣女口,受賄藏禁書,知樞密院盛度令開封府吏馮士元強取其鄰所賃官舍[1]。御史中丞孔道輔、權知開封府鄭戩主持審理[2],馮士元牽連宰相呂夷簡、知樞密院盛度、參知政事程琳,遂逮捕呂夷簡子呂公綽、呂公弼參劾其狀。既而馮士元流海島,盛度、程琳也被罷職,其餘絀罰者自孔道輔、天章閣待制龐籍又十餘人,宋仁宗以決獄問張士遜。張士遜以孔道輔不依附自己,說孔道輔回護程琳。宋仁宗將孔道輔降為知鄆州[3],天章閣待制龐籍降為知汝州[4]。