黄配玄（？—1645年），字承文，号位两，江西抚州府乐安县（今江西省乐安县）人，明朝政治人物，同进士出身。
万历四十三年（1615年）乙卯科举人，崇祯七年（1634年），登甲戌科进士[1]，吏部观政，十月授南直隶望江县知县，八年调任怀宁县知县[2]。此后升任南京兵科给事中[2]。崇祯十四年（1641年），任安庐巡抚[3]。丁内艰去。
