卓溪位於台灣東部,為秀姑巒溪的支流,流域分佈於花蓮縣南部,包括玉里鎮西南部及卓溪鄉東部。主流發源於標高2,157公尺的玉里山東南側,向東南流至卓溪附近,轉向東偏北流經中正、卓溪橋、玉興橋,隨後注入秀姑巒溪。