卓溪位于台湾东部,为秀姑峦溪的支流,流域分布于花莲县南部,包括玉里镇西南部及卓溪乡东部。主流发源于标高2,157公尺的玉里山东南侧,向东南流至卓溪附近,转向东偏北流经中正、卓溪桥、玉兴桥,随后注入秀姑峦溪。