亞佛加厥 (軟件)

阿佛加德羅(英語:Avogadro)是一個分子編輯軟件,是一款自由軟件,被設計用於計算化學分子建模生物化學材料科學, 以及相關領域的跨平台軟件[1][2][3][4]。並且提供添加外掛程式,附加元件或外掛程式的功能[5]。其名稱是以意大利化學家阿佛加德羅命名的。

Avogadro
Avogadro Logo
首次釋出2009年10月23日 (2009-10-23)
目前版本1.1.1(2013年12月11日 (2013-12-11)
預覽版本Avogadro 2:0.8.0(2015年8月17日 (2015-08-17)
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程式語言C++ (Qt)
作業系統Linux, Mac OS X, Microsoft Windows
特許條款Avogadro 1:GNU通用公眾特許條款
Avogadro 2:3句版BSD特許條款
網站avogadro.openmolecules.net

特點

 
使用Avogadro繪製氯雷他定空間填充模型

歷史

2007年5月17日發表了Avogadro,為第一次正式公測,也是該軟件首個發佈的版本,0.1.0版,截至2009年6月,已發佈到0.9.8版,當時就已經包含了很完整的功能。

2009年6月12日,Avogadro被開源發表於Qt。6月23日,Avogadro榮獲SourceForge社區選 擇獎「院士項目」的獎項。10月23日,Avogadro改版並發佈1.0正式版,並使用GNU GPLv2條款[6]。目前最新版本是1.1.1。

2013年4月11日,Avogadro專案釋出Avogadro 2的首個測試版本,其成為Open Chemistry軟件套裝的一部份[7] ,與其他兩個軟件可以一起使用,也能分開執行,使用Qt4重新編寫代碼,並加入了一系列的新功能,且改為使用3句版的BSD特許條款特許。

功能

基本功能為分子編輯,創建及構造,並可選擇週期表上任意元素,透過更改元素資料庫,甚至能添加一些新的元素,如:電子偶素渺子偶素。另外,程式附有自動加上功能,能依據酸鹼值添加氫原子,並附有分子結構最適化功能,能依據價電子排斥理論分子軌域理論進行計算分子結構。

令外有額外的分子力學生物化學光譜學等功能,但是要先自行準備數據庫方可使用。

程式有內附測量功能,可測得鍵角與鍵長等分子物理量,並且能找出其分子的所有異構物

缺點

由於資料庫資料有限,因此作出的分子結構會與實際值有所誤差,因此,使用軟件作出的一些數據僅供參考,應以實際實驗為主,軟件僅作為輔助功用。

例子

 
正丙硫醇球棒模型

例如要製作一個丙硫醇,只需現任意將三個連接起來,在使用內附的加上氫功能,然後在任意碳上接一個,最後再使用分子結構最適化,程式會依據分子力學、元素資料、電負度孤對電子數等資訊用不同的模型計算出最接近真實的分子結構

三個碳 三個碳加上氫 分子結構最適化
     

相關條目

參考文獻

  1. ^ Hanwell, Marcus D; Curtis, Donald E; Lonie, David C; Vandermeersch, Tim; Zurek, Eva; Hutchison, Geoffrey R. Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. J. Cheminform. 2012, 4 (1): 17. PMC 3542060 . PMID 22889332. doi:10.1186/1758-2946-4-17. 
  2. ^ Ral Mera-Adasme; Fernando Mendizbal; Claudio Olea-Azar; Sebastin Miranda-Rojas; Patricio Fuentealba. A Computationally Efficient and Reliable Bond Order Measure. J. Phys. Chem. A. 2011, 115 (17): 4397–4405. PMID 21469689. doi:10.1021/jp107498h. 
  3. ^ Michael Salciccioli; Weiting Yu; Mark A. Barteau; Jingguang G. Chen; Dionisios G.Vlachos. Differentiation of O–H and C–H Bond Scission Mechanisms of Ethylene Glycol on Pt and Ni/Pt UsingTheory and Isotopic Labeling Experiments. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (20): 7996–8004. PMID 21526776. doi:10.1021/ja201801t. 
  4. ^ Open Babeldocumentation Author: Geoffrey R Hutchison; Noel M O'Boyle; Blue Obelisk (Organization)
  5. ^ home page[永久失效連結]
  6. ^ 開發者網頁頁面存檔備份,存於互聯網檔案館) sourceforge.net [2013-11-21]
  7. ^ Marcus Hanwell. First Open Chemistry Beta Release. [2013-12-16]. (原始內容存檔於2015-08-13). 

外部連結