藤田嗣章(日語:ふじた つぐあきら,1854年—1941年)日本陸軍軍人,軍醫。大正元年(1912年)9月28日接替森鷗外任陸軍中將軍醫總監,任內退伍,獲勳一等功三級金鵄勳章。[1]亦曾任日軍臺灣守備混成旅團軍醫部長。
明治31年(1898年),於台灣北投溫泉區創設「臺北陸軍衛戍療養院北投分院」(現為三軍總醫院北投分院)。明治43年(1910年),出任朝鮮總督府醫院長。