半知菌

真菌界
	麴黴菌的分生孢子
科學分類
域：	真核域 Eukaryota
演化支：	單鞭毛生物 Amorphea
演化支：	OBA 超類群 Obazoa
演化支：	後鞭毛生物 Opisthokonta
總界：	菌物總界 Holomycota
演化支：	動孢菌 Zoosporia
界：	真菌界 Fungi
種
	見正文。

半知菌（Deuteromycota，希臘語，意思是「第二種真菌」）是一種已廢止的生物分類，指因未發現有性生殖階段而在分類學中位置不明的真菌，也包括了子囊菌門和擔子菌門物種的無性生殖階段。一些無性階段很發達，有性階段已發現但不常見的子囊菌和擔子菌，習慣上也歸為半知菌。許多真菌既存在有性生殖階段，又存在無性生殖階段，因此半知菌被認為是一種不完全型真菌。日常生活中常見的黴菌大部分都處於無性階段，其中包含半知菌的比率非常高。

根據G．C．安斯沃斯和G．R．Bisby（1971）的統計，半知菌類有1825屬，約2萬5千種。這包括很多知名的真菌，例如：生產青黴素的青黴菌、引起香港腳的足癬、令食物發酵的酵母菌等。此外，還有一些可食用的半知菌，包括那些令羅克福乾酪和卡芒貝爾奶酪帶有其獨特風味的真菌。

分類

半知菌的分類有兩大分類系統。

薩卡度分類系統

半知菌的傳統分類是採用薩卡度(Saccardo et al.(1882-1972)^[1])的分類系統。

按照真菌傳統的三綱一類分類法（即藻菌綱、子囊菌綱、擔子菌綱和半知菌類），半知菌都歸入半知菌類，並根據子實體或孢子果的形態分為以下4個目：

叢梗孢目 Moniliales
- 淡色孢科 Moniliaceae
- 暗色孢科 Dematiaceae
- 束梗孢科 Stilbaceae
- 瘤座孢科 Tuberculariaceae
黑盤孢目 Melanconiales
球殼孢目 Sphaeropsidales
無孢菌類 Mycellia sterilia

該系統的特點以形態學為基礎，將形態相似的半知菌歸為一類，而不考慮它的系統發育關係。

安斯沃斯分類系統

安斯沃斯[Ainsworth（1973）]現代分類系統是真菌界比較公認的真菌分類系統。該系統建立在薩卡度傳統分類系統的基礎上，雖然也以形態學為基礎，但更加注重真菌的產孢方式。

該系統根據真菌形態和產孢方式將半知菌亞門分3個綱：

半知菌亞門 Deuteromycota
- 芽孢綱 Blastomycetes
  - 隱球酵母目 Cryptococcales
  - 擲孢酵母目 Sporobolomycetales

- 絲孢綱 Hyphomycetes
  - 無孢目 Agonomycetales
    - 無孢科 Agonomycetaceae
      - 絲核屬 Rhizoctonia
      - 小菌核屬 sclerotium
  - 叢梗孢目 Miniliales
    - 叢梗孢科 Moniliaceae
      - 粉孢屬 Oidium
      - 叢梗孢屬 Monilia
      - 輪枝孢屬 Verticillium
      - 梨孢霉屬 Piricaulalia
      - 小尾孢屬 Cercosporella
      - 葡萄孢屬 Botrytis
    - 暗色孢科 Dematiaceae
      - 黑星孢屬 Fusicladium
      - 枝孢屬 Cladosporium
      - 尾孢屬 Cercospora
      - 長蠕孢屬（蠕蟲孢屬） Helminthosporium -本屬現在另分為以下三屬
        平臍蠕孢屬（離蠕孢屬） Bipolaris
        
        內臍蠕孢屬（德氏霉屬） Drechslera
        
        突臍辱孢屬 Exserohilum
      - 鏈格孢屬 Alternaria
      - 褐孢霉屬 Fulvia Ciferri
  - 束梗孢目 Stilbellales
    - 束梗孢科 Stilbellaceae
      - 擬棒束孢屬 Isariopsis
  - 瘤座孢目 Tuberculariales
    - 瘤座孢科 Tuberculariaceae
      - 赤霉屬 Gibberella
      - 赤殼屬 Calonectria
      - 叢赤殼屬 Nectria
      - 菌寄生屬 Hypornyces

- 腔孢綱 Coelamycetes
  - 黑盤孢目 Melanconiales
    - 黑盤孢科 Melanconiaceae
      - 痂圓孢屬 Sphaceloma
      - 炭疽菌屬 Colletotrichum
      - 盤二孢屬 Marssonina
  - 球殼孢目 Sphaeropsidales
    - - 莖點霉屬 Phoma
      - 大莖點霉屬 Macrophoma
      - 擬莖點霉屬 Phomopsis
      - 葉點霉屬 Phyllosticta
      - 殼囊孢屬 Cytospora
      - 色二孢屬 Diplodia
      - 殼二孢屬 Ascochyta
      - 殼針孢屬 Septoria

半知菌分類與命名的交叉問題

根據國際命名法規，每一個生物的種只能有一個合法的學名。但是，一部分子囊菌和擔子菌的無性階段被歸入半知菌，有性階段又被劃入子囊菌門或擔子菌門中，導致同一個真菌種被交叉劃分在不同的單元中，同一個種有兩個學名。因此，1992年在美國俄勒岡州新港(Newport, Oregon)召開的真菌全型會議(Fungal Holomorph Conference)上決定廢除半知菌亞門這一分類。然而現在許多菌類暫時還沒有發現有性階段，或者有性階段很少見，或者人們更習慣使用無性階段的學名時，同時使用無性階段和有性階段的兩個學名依舊是普遍現象。

隨著分子遺傳學研究的深入，今後也許用不著發現菌類的有性階段，也能夠根據遺傳學特徵直接判斷其分類歸屬。

系統發育和分類學

無性繁殖真菌的系統發育分類現在通常使用分子系統發生學。通過對DNA序列（例如rRNA）或多基因系統發育的比較分析構建的系統發生樹可用於推斷無性繁殖真菌與其性繁殖對應物之間的關係。

常見的物種

工業相關的真菌

多孔木霉(Tolypocladium inflatum)→從中獲得免疫抑制劑環孢素(ciclosporin)^[2];
青黴菌（Penicillium griseofulvum）;
米麴菌^[3]
醬油麴黴^[4]
黑麴黴^[5]

參閱

參考資料

^ 存档副本. [2017-12-30]. （原始內容存檔於2017-12-07）.
^ See "Una Historia Ilustrada del Transplante de Órganos" [1] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） (in Spanish).
^ Bio-Cat Products. Bio-Cat. [2018-10-13]. （原始內容存檔於2008-12-04）.
^ ARS en Espanol : News & Events. USDA. [2018-10-13]. （原始內容存檔於2008-10-12）.
^ Enzyme Development Corporation. [2018-10-13]. （原始內容存檔於2012-03-21）.

[1] 存档副本. [2017-12-30]. （原始內容存檔於2017-12-07）.

[2] See "Una Historia Ilustrada del Transplante de Órganos" [1] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） (in Spanish).

[3] Bio-Cat Products. Bio-Cat. [2018-10-13]. （原始內容存檔於2008-12-04）.

[4] ARS en Espanol : News & Events. USDA. [2018-10-13]. （原始內容存檔於2008-10-12）.

[5] Enzyme Development Corporation. [2018-10-13]. （原始內容存檔於2012-03-21）.

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