孫元衡(1661年—?),字湘南,中國清朝官員,安徽桐城人。
孫元衡爲貢生出身,康熙42年(1703年)任台灣府海防補盜同知。康熙45年(1706)接替病逝于任內的毛殿颺,代理諸羅縣知縣。[1]康熙四十六年(1707年)改任台灣府台灣縣知縣。